Pod okiem ojca, Jacka Malczewskiego, uczył się warsztatu malarskiego. Podczas I wojny światowej studiował filozofię, architekturę i agronomię w Wiedniu. W dwudziestoleciu  międzywojennym mieszkał w Zakopanem, gdzie był członkiem Towarzystwa "Sztuka Podhalańska". Od 1929 r. należał do ugrupowania artystycznego "Rytm". Po wojnie osiadł w Montrealu, gdzie tworzył do końca swojego życia. Odbył wiele podróży po kontynencie amerykańskim. Doskonale opanował technikę akwareli, w której się specjalizował. Malował widoki ukochanych Tatr oraz martwe natury. Syntetyczna, uproszczona forma, wyraźna dominanta kompozycyjna to charakterystyczne elementy pędzla  Rafała Malczewskiego.