Studiował malarstwo i grafikę w Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie, 1961–1968, i w Ecole Nationale Superieure des Beaux Arts w Paryżu, 1967. Dyplom uzyskał w 1968 roku. Obecnie jest profesorem w Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. W 1980 roku był stypendystą Rządu Francuskiego, w 1982 roku stypendystą Fundacji Kościuszkowskiej w Nowym Jorku. W 1993 otrzymał stypendium Fulbright’a i odbył staż naukowy oraz prowadził zajęcia na Wydziale Sztuki w New York Institute of Technology w Nowym Jorku. W 1992 prowadził zajęcia w Uniwersytecie Stanu Connecticut w Storrs. Jest wieloletnim członkiem ZPAP, oraz członkiem „Grupy Krakowskiej”. Profesor i dwukrotny Rektora Akademii Sztuk Pięknych im. Jana Matejki w Krakowie. Kluczowym okresem w twórczości Jana Pamuły były lata siedemdziesiąte, kiedy zwrócił się ku abstrakcji geometrycznej. Jego ówczesne poszukiwania miały na celu zbudowanie „jednolitej, uniwersalistycznej wizji rzeczywistości”, które oznaczało w praktyce wykorzystanie roli przypadku w tworzeniu układów geometrcznych. W 2003 roku otrzymał Nagrodę im. Witolda Wojtkiewicza za wystawę malarstwa „Obiekty geometryczne – retrospekcja” w Starmach Gallery.