Po przyjściu na świat małego Rafałka rodzina Malczewskich przeniosła się do Nowego Sącza, do państwa Gralewskich, rodziców Marii Malczewskiej. Zarówno Rafałem jak i jego starszą siostrą Julią zajmowała się głównie matka oraz dziadkowie, Jacek skupiał się na karierze artystycznej. Od tego momentu Rafał wychowywany był według metod pedagogicznych babki Gralewskiej (…). Metody te polegały, jak się zdaje, na trzymaniu Rafała w kręgu rodzinnym, niewypuszczaniu samego poza próg domu, bramę ogrodu oraz nadmiernej dbałości o jego zdrowie. Ojcu jak pisze Rafał, ciężko było zwalczać te praktyki. Zimą trzymano go w domu, wypuszczając jedynie na krótkie spacery. (Stanisław Potępa, Rafał Malczewski, Tarnów, 2006, s.16.). Sam Rafał wspomina, że początkowo nie miał zbyt wielu wspomnień związanych z ojcem. Pierwsze silniejsze relacje miedzy ojcem i synem nawiązały się po przeprowadzce rodziny Malczewskich do willi Pod Matka Boską na krakowskim Zwierzyńcu. Właśnie z tym miejsce wiąże się wiele ciepłych wspomnień Rafała dotyczących życia rodzinnego oraz samej postaci ojca. Z tego też okresu pochodzi wiele portretów syna autorstwa Jacka. Pierwszy, z 1893 roku, znany jedynie dzięki fotografii ze zbiorów Muzeum im. Jacka Malczewskiego w Radomiu, przedstawia portret kilkumiesięcznego Rafałka. „Ubrany w jasny kaftanik z koronkowym kołnierzykiem, w ujęciu en trois quatre, z główką delikatnie zwróconą w lewo – zadziwia kontrastem między okrągłą dziecinną twarzyczką a smutnymi, zadumanymi oczami. To melancholijno- refleksyjne spojrzenie obecne będzie niemal we wszystkich późniejszych portretach Rafała, rozsnuwając wokół niego specyficzną aurę „miękkiego” smutku i spokoju.” (Dorota Folga-Januszewska Rafał Malczewski i mit Zakopanego, Olszanica, 2006 s. 10.). Kolejny znany wizerunek czteroletniego malca pochodzi z 1896 roku z przedstawieniem en face chłopca w białej koszuli z wysokim kołnierzykiem, o jasnej cerze i popielatych włoskach, na brązowym neutralnym tle (reprodukowany w: Rafał Malczewski i mit Zakopanego, (red). Dorota Folga-Januszewska, Olszanica 2006, il. 2). Inny portret w nieco szkicowym ujęciu ukazuje stojącego na dróżce Rafała w białym fartuszku i kapeluszem z szerokim rondem (reprodukowany w: Rafał Malczewski i mit Zakopanego, przewodnik po wystawie, red. Agnieszka Fryz-Więcek, Muzeum Narodowe w Krakowie, 2006, str. 15). W zaciszu ogrodowej altany Jacek Malczewski ukazał skupionego na rysowaniu syna w ok. 1900 r. (reprodukowany w: Rafał Malczewski i mit Zakopanego, op. cit, il. 5). Z tego też okresu pochodzi prezentowany obraz, przedstawiający w szkicowym ujęciu Rafałka stojącego na nasłonecznionej drodze ogrodu. Po lewej i po prawej stronie widać zielone paliki, służące do wzmocnienia małych drzewek czy tez szczepów. Chłopiec ma na sobie czarny kapelusik o szerokim płaskim rondzie, bluzkę i krótkie spodenki oraz narzuconą na ramiona pelerynkę w tonie kobaltowo-fioletowym (fragm. ekspertyzy dr Kazimierza Buczkowskiego). Wizerunek Rafała Malczewski ukazywał nie tylko w prywatnych przedstawieniach syna. Fizis małego chłopca objawił się w licznych symbolicznych kompozycjach, m.in. w Pieśni żałobnej z ok. 1900 r., czy w tryptyku Prawo, Ojczyzna, Sztuka z 1903 r.